Ada 3 layanan publik yang menjadi tolok ukur kepuasan layanan publik dari Kementerian Agama yaitu: layanan Haji, layanan Nikah, layanan Pendidikan. Perlu evaluasi secara terus-menerus dan berkelanjutan atas kualitas layanan kemenag agar layanan tersebut makin simple, makin cepat, makin mudah dan makin baik terhadap SOP pelayanan, manajemen SDM, dan sarana prasarananya. Semua komponen Kementerian Agama Kota Yogyakarta harus secara simultan untuk mewujudkan pelayanan yang sesuai harapan masyarakat, dan ini dijiwai oleh semangat 5 nilai budaya Kerja kementerian Agama yaitu: Integritas, Profesional, Inovasi, Tanggung jawab dan Keteladanan dilakukan survey kepada masyarakat langsung, untuk mengetahui berapa besar indeks kepuasan masyarakat terhadap layanan dan persepsi korupsi Kementerian Agama Kota Yogyakarta. Berikut hasil survey kepuasan masyarakat dan persepsi korupsi Kankemenag Kota Yogyakarta
